1.Sanger雙脫氧鏈終止法
DNA的合成總是從5′端向3′端進行的。DNA的合成需要模板以及相應的引導核酸鏈。DNA的合成過程中，在合成的DNA鏈的3′末端，依據(jù)堿基配對的原則，通過生成新的3′，5′－磷酸二酯鍵，使DNA鏈合成終止，產(chǎn)生短的DNA鏈。具體測序工作中，平行進行四組反應，每組反應均使用相同的模板，相同的引物以及四種脫氧核苷酸；并在四組反應中各加入適量的四種之一的雙脫氧核苷酸，使其隨機地接入DNA鏈中，使鏈合成終止，產(chǎn)生相應的四組具有特定長度的、不同長短的DNA鏈。這四組DNA鏈再經(jīng)過聚丙烯酸胺凝膠電泳按鏈的長短分離開，經(jīng)過放射自顯影顯示區(qū)帶，就可以直接讀出被測DNA的核苷酸序列(圖15－3)。
圖15－3 雙脫氧鏈終止法測定DNA序列原理示意
2.MaxamGilbert DNA化學降解法
這一方法的基本步驟為(1)先將DNA的末端之一進行標記(通常為放射性同位素32P；(2)在多組互相獨立的化學反應中分別進行特定堿基的化學修飾；(3)在修飾堿基位置化學法斷開DNA鏈；(4)聚丙烯酰胺凝膠電泳將DNA鏈按長短分開；(5)根據(jù)放射自顯影顯示區(qū)帶，直接讀出DNA的核苷酸序列(圖15－4)。
圖15－4 化學裂解法測定DNA的核苷酸序列
