病因是個重要問題，實驗醫(yī)學、臨床醫(yī)學、流行病學均應用自己的方法對病因進行探討。這三大方法各有所長、各有特點，緊密協(xié)作，才易于探討病因。
流行病學探討病因是從群體水平，用疾病在人群中分布的資料進行現(xiàn)場觀察及現(xiàn)場實驗，最接近于人群的實際情況。因此，對疾病病因的研究在很大程度上取決于流行病學研究。流行病學可為臨床及實驗研究提供病因線索，而實驗醫(yī)學及臨床醫(yī)學對病因的研究結(jié)果，還要根據(jù)流行病學研究做最后判斷。如1963年河北省南部洪水后發(fā)生的不明熱癥，根據(jù)臨床判斷為副傷寒或流行性感冒，但該病的流行病學特點不支持這種判斷，（耿貫一，1963)從而提出鉤端螺旋體病的判斷（盡管在那以前河北省南部沒有發(fā)現(xiàn)過鉤端螺旋體zxtf.net.cn/yishi/病)，實驗室檢查后來證實了流行病學的判斷。實驗室研究發(fā)現(xiàn)可能致癌物種類非常多，WHO提出由流行病學研究最后判斷，而將這些致癌物種類的數(shù)字大加減少，而且更符合實際。
病因假設(shè)形成的途徑
三大方法研究病因，均要先形成病因假設(shè)，然后再加以驗證。流行病學形成的病因假設(shè)（說)是根據(jù)自己的、別人的經(jīng)驗，疾病的自然史，已知的影響因素等而形成。在形成病因假設(shè)時，一般可遵循下列途徑（MacMahon等)。
1.求同法（method ofagreement)如果多種不同情況與某種疾病的存在有聯(lián)系，而在這多種情況均有一個共同的因素，則這個因素很可能為該病的病因。如氟斑牙患病率高的地區(qū)，飲水氟含量高，而患病率低處則飲水氟含量低。飲水氟含量高則可能為氟斑牙的病因。
2.求異法（method ofdifference)如果有A、B兩種情況，某病的發(fā)病率在A顯著高于在B，在A有某因素（F)，在B沒有該因素，則F很可能是該病的病因。如肺癌發(fā)病率在吸煙者顯著高于在不吸煙者，說明吸煙可能是肺癌的病因。
3.共變法（method ofconcomitant variation)當某個因素（F)出現(xiàn)的頻度或強度發(fā)生變化時，該病發(fā)生的頻率與強度也變化，則F很可能是該病的病因。如海豹肢畸形（phocomelia)隨反應停（thalidomide)上市量的增減而增減。在溫州地區(qū)研究發(fā)現(xiàn)“散發(fā)性腦炎”的發(fā)病數(shù)，隨四咪唑和左旋咪唑上市量而變化，從而懷疑該藥物與“散發(fā)性腦炎”的發(fā)生有關(guān)。
4.類推法（method of analogy)當一種疾病的分布與另外一種病因已清楚的疾病的分布相似時，則這兩種病可能有共同的病因。如前文所述河北省1963年流行的“不明熱”被判斷為鉤端螺旋體病，就是根據(jù)共分布特點而作。
除上述四種方法外，如果一種疾病有多種可疑的病因，而其中多種已被排除，僅余一種可能時，則此因素是該病的病因的可能性就大大增加。
