首都醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院前身是北京中醫(yī)學(xué)院分院，創(chuàng)建于1978年。1986年掛靠北京聯(lián)合大學(xué)獨(dú)立辦學(xué)，是北京市屬唯一一所培養(yǎng)高級(jí)中醫(yī)藥人才的院校，30年來為北京地區(qū)培養(yǎng)中醫(yī)藥高級(jí)專業(yè)人才3000余人，在職培訓(xùn)2000余人，其中相當(dāng)一部分已經(jīng)成為北京市中醫(yī)藥行業(yè)的骨干。2002年學(xué)院并入首都醫(yī)科大學(xué)，成為其二級(jí)學(xué)院。
目前，學(xué)院設(shè)置行政管理機(jī)構(gòu)三個(gè)，分別為學(xué)院辦公室、教學(xué)科研辦公室和學(xué)生工作辦公室；設(shè)置教學(xué)機(jī)構(gòu)3個(gè)，分別是中醫(yī)系、中藥系和實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。中醫(yī)系有中醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)學(xué)、方劑學(xué)、針灸推拿學(xué)、醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)5個(gè)教研室，中藥系有中藥藥劑學(xué)、臨床中藥學(xué)、中藥化學(xué)、中藥資源學(xué)四個(gè)教研室。學(xué)院建有首都醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥研究所，內(nèi)設(shè)中醫(yī)代謝病研究中心、中醫(yī)腦病研究中心、中醫(yī)肝病研究中心以及中藥新藥研發(fā)中心。在重大疾病的基礎(chǔ)研究與臨床防治方面開展研究，研制和開發(fā)新藥物。
學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)班子由正副書記、正副院長(zhǎng)5人組成，均為兼職管理干部和學(xué)科學(xué)術(shù)帶頭人。班子建設(shè)著重加強(qiáng)獨(dú)立領(lǐng)導(dǎo)學(xué)院建設(shè)與發(fā)展的能力，治院理教水平不斷提高。建立了領(lǐng)導(dǎo)班子思想、組織、作風(fēng)、建設(shè)的一系列規(guī)章制度，堅(jiān)持黨政共同負(fù)責(zé)制醫(yī).學(xué)全.在.線網(wǎng)站zxtf.net.cn，完善民主集中制的各項(xiàng)制度；堅(jiān)持集體領(lǐng)導(dǎo)、集體決議保持團(tuán)結(jié)統(tǒng)一；廉潔從政，用黨的制度和紀(jì)律規(guī)范從政行為。經(jīng)受住了調(diào)整、改革的考驗(yàn)，逐漸成熟進(jìn)步成為務(wù)實(shí)奮進(jìn)的領(lǐng)導(dǎo)集體。
“十一五”期間，學(xué)院圍繞建設(shè)教學(xué)研究型的“國(guó)內(nèi)一流、國(guó)際知名”醫(yī)科大學(xué)的戰(zhàn)略目標(biāo)，以學(xué)科建設(shè)為中心，制定了以“優(yōu)、特、重”建設(shè)為核心、全面推進(jìn)的策略，突出中醫(yī)與中藥緊密結(jié)合、基礎(chǔ)與臨床緊密結(jié)合的學(xué)科特色。學(xué)科布局明顯優(yōu)化，學(xué)院現(xiàn)有1個(gè)北京市重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科—中醫(yī)學(xué)，下設(shè)5個(gè)二級(jí)學(xué)科群；中藥學(xué)系下設(shè)4個(gè)二級(jí)學(xué)科群。形成了優(yōu)勢(shì)學(xué)科-中醫(yī)臨床基礎(chǔ)學(xué)科，特色學(xué)科-中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)科，重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科-中藥制藥學(xué)科，重點(diǎn)扶持學(xué)科-臨床中藥學(xué)科，教育必需學(xué)科-中醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)、方劑學(xué)、中藥化學(xué)、中藥資源學(xué)，新建恢復(fù)學(xué)科-針灸推拿學(xué)科。目前擁有中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)兩個(gè)碩士一級(jí)學(xué)科授權(quán)學(xué)科，在中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)、中醫(yī)診斷學(xué)、方劑學(xué)、中醫(yī)基礎(chǔ)理論及中藥學(xué)專業(yè)招收研究生。
中醫(yī)臨床基礎(chǔ)學(xué)科以經(jīng)典理論指導(dǎo)臨床證治研究為切入點(diǎn)，開展中醫(yī)藥防治肝病、代謝性疾病及老年病的研究；中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)科研究中醫(yī)文獻(xiàn)的語言規(guī)律、特點(diǎn)及在醫(yī)學(xué)理論發(fā)展中的地位與作用，完成古醫(yī)籍中重言的研究與整理，創(chuàng)建了中醫(yī)癥狀語言、消渴古籍網(wǎng)絡(luò)等數(shù)據(jù)庫；中藥制藥學(xué)科利用制劑新技術(shù)對(duì)傳統(tǒng)中藥生產(chǎn)進(jìn)行改革,并在提取、精制、成型、增加穩(wěn)定性等方面進(jìn)行應(yīng)用評(píng)價(jià)和推廣研究。
