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公開(公告)號
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CN1211398C
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公開(公告)日
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2005.07.20
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申請(專利)號
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CN00819590.0
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申請日期
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2000.08.31
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專利名稱
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一種確定保守恒定的肽基序的基于計算機的方法
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主分類號
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C07K1/00
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分類號
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C07K1/00;C07K14/195;G06F17/50
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分案原申請?zhí)? |
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優(yōu)先權(quán)
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2000.3.30 US 09/539,032
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申請(專利權(quán))人
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科學(xué)和工業(yè)研究會
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發(fā)明(設(shè)計)人
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K·S·布拉馬切里;D·達西
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地址
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印度新德里
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頒證日
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國際申請
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PCT/IN2000/000085 2000.8.31
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進入國家日期
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2002.11.26
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專利代理機構(gòu)
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北京紀凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司
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代理人
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程偉
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國省代碼
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印度;IN
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主權(quán)項
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一種基于計算機的、可用于確定藥物靶位的恒定肽基序的方法，其中所述的方法包括下列步驟：i)用計算機從所選生物體的所有蛋白序列中建立重復(fù)肽文庫，該序列可在http：//www.ncbi.nlm.nih.gov上獲得，ii)用計算機根據(jù)單字母氨基酸代碼，按字母順序?qū)纳厦娅@得的長度為‘N’的肽分類，iii)用計算機匹配所選細菌的共有肽序列，iv)用計算機在原始蛋白中定位這些共有肽，隨后用其來源和位置進行標記，v)用計算機結(jié)合這些重復(fù)共有肽以獲得一個恒定肽序列的長鏈，vi)從晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中注釋這些保守肽的二級結(jié)構(gòu)，vii)比較致病菌株和非致病菌株的基因組，并選擇在這兩組中不共同保守的序列，以及viii)通過在宿主基因組中尋找指定的保守序列和排除宿主基因組中存在的保守序列，用計算機確認作為潛在藥物靶位序列的恒定序列基序。
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摘要
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本發(fā)明涉及一種新的、對幾種生物體在基因組范圍內(nèi)進行比較的基于計算機的方法，所述的基于計算機的方法涉及建立來自幾種生物體蛋白序列的肽文庫，隨后進行比較以識別保守恒定的肽基序，最后通過在不同的細菌生物體和宿主基因組之間進行直接序列比較確定出了幾種恒定的肽基序，而不需要任何的事先假設(shè)。本方法可用于確定潛在的藥物靶位，并可作為廣譜抗菌素以及感染的特異性診斷的藥物篩選，除此之外，還可在這些恒定肽基序特性的幫助下來指定仍然未知功能蛋白的功能。
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國際公布
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WO2001/074130 英 2001.10.11
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