微生物（microorganism)是存在于自然界中的一群體形細小、構(gòu)造簡單、肉眼直接看不見，必須借助于光學顯微鏡或電子顯微鏡放大幾百倍、幾千倍甚至幾萬倍才能觀察到的微小生物。微生物雖然個體微小，但具有一定的結(jié)構(gòu)、生理功能，并能在適宜的環(huán)境中快速地生長和繁殖。
微生物的種類繁多，至少在十萬種以上。按其結(jié)構(gòu)、組成等差異，可分成三大類。
1.非細胞型微生物 體積微小，能通過濾菌器；只能在活細胞內(nèi)生長增殖，病毒屬之。
2．原核細胞型微生物 僅有原始核，無核仁和核膜；缺乏完整的細胞器。這類微生物有細菌、衣原體、立克次體、支原體、螺旋體和放線菌。
3.真核細胞微生物 細胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體；胞漿內(nèi)有完整的細胞器。真菌是真核型微生物。
由于病毒、細菌、真菌等形態(tài)、結(jié)構(gòu)、生理活動、代謝產(chǎn)物等不盡相同，它們又可各自進一步分類。
例如病毒若按寄生宿主分類，則有細菌病毒（噬菌體)、植物病毒、動物病毒等。根據(jù)病毒基因組的核酸種類（DNA或RNA)、類型（ds或ss)和有無包膜分類，可有七大群、ds-DNA，有包膜，ds-DNA，無包膜；ss-DNA，無包膜；ds-RNA，有包膜；ds-RNA，無包膜；ss-RNA，有包膜；ss-RNA，無包膜。傳統(tǒng)的細菌分類是按界、門、綱、目、科、屬、種分類。有的在科屬之間分族，或在屬下分亞屬。細菌的命名都采用國際通用的林奈氏雙命名法（屬名在前，種名在后)。例如結(jié)核分枝桿菌（Mycobacterium tuberculosis)、金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)等。醫(yī)學全在線www.med126.com
必須指出，細菌形態(tài)特征在分類中僅是初步的鑒定依據(jù)，一般尚需進一步按其生理特性（培養(yǎng)性狀、生化反應(yīng)、產(chǎn)毒性等)、抗原構(gòu)造和DNA鹼基組成等鑒定。
種（species)是細菌的基本分類單位。同一種細菌的形態(tài)、生理特性和組成成分都基本相同。具有密切相關(guān)的種組成（genera)，例如痢疾志賀氏菌、福氏志賀氏菌、鮑氏志賀氏菌和宋內(nèi)志賀氏菌等組成賀氏菌屬。有共同親緣關(guān)系菌屬、沙門氏菌屬等組成腸道桿菌科。
同一菌種之間仍有一定的差異，故以下還可分型（types)和變種（varieties)。又根據(jù)結(jié)構(gòu)不同可分成不同血清型（serotypes);對噬菌體或細菌素敏感性不同分成多種噬菌體型（phage－types) 或細菌素型（bacteriocin-types)。此外，尚有毒素型（toxin-types)和生物型（biotypes)。變種是指某些特性與典型種比較有明顯差異的細菌。
株（strains)是指不同來源的相同的種（或型)。具有典型特征的菌株稱為標準株(standard strains)，如H37RV 為結(jié)核桿菌的強毒標準株。為了便于鑒定菌種需要，能同典型菌種進行比較，實驗室應(yīng)保存一些必要的標準菌株。
