北京大學基礎醫(yī)學院的前身是1954年9月14日成立的北京醫(yī)學院基礎醫(yī)學部（簡稱基礎部）。1960年2月改稱基礎醫(yī)學系。1985年5月成立北京醫(yī)科大學后，基礎醫(yī)學系正式更名為基礎醫(yī)學院。2000年5月北京大學與北京醫(yī)科大學合并后，更名為北京大學基礎醫(yī)學院。學院現(xiàn)設9個系、1個室、1個研究所和1個醫(yī)學實驗教學中心。其中有兩門課程被評為“國家理科基礎科學教學和研究人才培養(yǎng)基地的名牌課程”，四門課程被評為“國家理科基地創(chuàng)建名牌項目”。擁有“生物學”和“基礎醫(yī)學”2個博士學位授權(quán)的一級學科（涵蓋12個二級學科）、8個國家重點學科、2個博士后流動站、4個�。ú浚┘壷攸c實驗室，擁有一些國際先進水平的科研基地和實驗技術(shù)平臺。在2003年全國基礎醫(yī)學一級學科評估中，基礎醫(yī)學院在學術(shù)隊伍、科學研究、人才培養(yǎng)和學術(shù)聲譽等四個方面的整體水平排名榮獲第一。現(xiàn)在的基礎醫(yī)學院已成為國內(nèi)較著名的，以發(fā)展多層次基礎醫(yī)學教育，研究人類生命科學和防治疾病的基礎理論為主要任務的教學科研中心之一，是國家基礎醫(yī)學領域高級專門人才的培訓基地之一。
　　基礎醫(yī)學院目前承擔所有醫(yī)學專業(yè)學生（包括留學生）的基礎醫(yī)學課程教學。自1978年恢復研究生招生以來，已招收研究生1388名，其中博士生487人（有3篇論文獲得全國優(yōu)秀博士論文）、碩士生901人。目前博士后流動站在站人員19名、在讀博士和碩士研究生328名。已招收基礎醫(yī)學和醫(yī)學實驗技術(shù)兩個專業(yè)的學生1413人。學院還承擔了衛(wèi)生部下達的培訓全國醫(yī)藥院校中青年教師的任務；承擔了接受國內(nèi)訪問學者和進修學員的教學任務；并舉辦多種類型的繼續(xù)教育項目。我們培養(yǎng)的學生以學風嚴謹，實踐綜合能力強，開拓創(chuàng)新潛力大等優(yōu)點多次受到國內(nèi)、外的教育和研究部門的贊譽。許多畢業(yè)生已成為國內(nèi)外生物醫(yī)學學科的學術(shù)帶頭人或?qū)W術(shù)骨干。
　　基礎醫(yī)學院現(xiàn)有教職工371人，其中教授51人、副教授55人；具有博士學位者71人，碩士學位者84人。學院以師資力量雄厚、治學嚴謹著稱，擁有一批國內(nèi)外著名的專家學者。其中中國科學院院士3人、工程院院士1人、“長江計劃特聘教授”5人、獲“國家杰出青年科學基金”4人、獲“全國優(yōu)秀教師獎”3人、獲國家人事部和衛(wèi)生部授予“突出貢獻中青年科技專家”8人、獲教育部跨世紀優(yōu)秀人才5人、獲“北京市優(yōu)秀教師獎”10人、享受國務院頒發(fā)政府特殊津貼30人、博士生導師38人。此外有100余人次在國際學術(shù)機構(gòu)及國內(nèi)一、二級學術(shù)團體擔任要職。學院的各項教學改革工作不斷發(fā)展，總體水平一直處于全國領先地位。圍繞創(chuàng)建21世紀基礎醫(yī)學課程教學模式，培養(yǎng)高素質(zhì)醫(yī)學人才的教學目標，出版了許多高質(zhì)量的高等學校本、專科教材、參考書及輔導教材。計算機輔助教學工作在基礎醫(yī)學院具有相當規(guī)模和較大的影響力，曾獲教育部、北京市多項獎勵。學院的整體教學改革項目榮獲國家和北京市教學成果獎。
基礎醫(yī)學院主要從事生物醫(yī)學領域的基礎研究，擁有雄厚的科學研究綜合實力。1980年-2003年獲得各類科技成果獎150余項。其中國家自然科學獎3項、國家科技進步獎4項、部委和北京市科技進步獎130項、國家及國際發(fā)明專利40余項、其他科技成果獎13項；2000年-2003年發(fā)表科研論文1350余篇。其中在國外學術(shù)刊物上發(fā)表200余篇，SCI收錄刊物發(fā)表240余篇；2000年-2003年承擔各類科研課題380余項，共獲科研經(jīng)費約15000萬元。其中承擔“973國家重點基礎研究項目”子課題18項，獲準“973”項目經(jīng)費2536萬元；承擔國家科技攻關項目和“863高技術(shù)項目”24項，獲經(jīng)費2530萬元；承擔國家自然科學基金項目88項，獲經(jīng)費2110萬元。
　　基礎醫(yī)學院近年來逐漸加強生物技術(shù)和醫(yī)藥產(chǎn)品的研究開發(fā)，在科技開發(fā)工作中也取得一些重大進展。在基因工程藥物、腫瘤的免疫治療、自身免疫病治療、心血管疾病的基因治療、干細胞治療神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病和角膜疾病、診斷試劑研制等領域，一批研究開發(fā)項目已取得動物實驗或臨床試用的良好效果，具有很好的應用前景。
　　基礎醫(yī)學院十分重視國際間醫(yī)學的交流與合作，注重借鑒世界先進的醫(yī)學研究成果和教學經(jīng)驗，不斷提高整體辦學水平。與世界一流醫(yī)學院校和科研機構(gòu)開展項目合作研究、人員交流、合作舉辦國際會議等多種形式，已建立了廣泛的密切聯(lián)系。例如2003年我院成功舉辦了“SARS 臨床、病理和發(fā)病機制國際研討會”。2004年7月15－17日，我們還將與北美華人醫(yī)學遺傳學會等相關單位，主辦“北京2004年醫(yī)學遺傳學國際學術(shù)研討會”。最近幾年學院先后共舉辦了9次國際會議或研討會，這些活動促進和推動了全國醫(yī)學的發(fā)展，對世界醫(yī)學的發(fā)展也有貢獻。歷經(jīng)50年的發(fā)展歷程，北京大學基礎醫(yī)學院已經(jīng)處于國內(nèi)領先地位，成為了國內(nèi)外知名的醫(yī)學教學和研究基地。