重點學科是高校在培養(yǎng)高素質創(chuàng)新人才和開展高水平科學研究中具有示范和帶頭作用的學科，是衡量一所高校辦學水平和特色的重要標志。
在2001年國家重點學科評審中，首都醫(yī)科大學的外科學（神外)、眼科學和耳鼻咽喉科學3個學科被評為國家重點學科。2007年教育部對2001年獲批的國家重點學科進行考核評估，并開展了新增國家重點學科的評選工作醫(yī)學全在線www.med126.com。首都醫(yī)科大學上述3個學科均以優(yōu)秀成績通過考核評估，同時，神經生物學、內科學（呼吸系病)、內科學（心血管病)、神經病學和兒科學5個學科增補為國家重點學科，內科學（消化系病)和影像醫(yī)學與核醫(yī)學2個學科增補為國家重點（培育)學科。至此，首都醫(yī)科大學擁有8個國家重點學科，2個國家重點（培育)學科。 醫(yī)學全在線網(wǎng)站zxtf.net.cn
2002年北京市教委首次開展北京市重點學科評審工作，首都醫(yī)科大學的神經生物學等7個學科被評為北京市重點學科，生理學等8個學科被評為北京市重點建設學科。2007年北京市教委對原北京市重點學科進行了驗收，并開展新增北京市重點學科的評選。首都醫(yī)科大學原有的15個北京市級重點學科均順利通過驗收，同時，18個學科被增補為北京市級重點（建設)學科。至此，首都醫(yī)科大學擁有1個交叉學科北京市重點學科，2個一級學科北京市重點學科，7個二級學科北京市重點學科，2個一級學科北京市重點建設學科和12個二級學科北京市重點建設學科，涉及醫(yī)學、理學、工學、教育學、法學、管理學六個門類。
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