目前學院承擔著多項國家自然科學基金重點項目、國家“863”項目、“973”項目、國家科技攻關項目以及省部級科研項目，參與了“九五”和“十五” “211工程”項目的建設。學院近年獲國家自然科學二等獎1項，省部級一等獎6項、二等獎16項、三等獎5項，其他獎10余項；近五年獲得發(fā)明專利44項，發(fā)表論文1129篇（其中被SCI收錄的648篇)，有1個抗腫瘤一類新藥被SFDA批準進入II期臨床研究，1個抗腫瘤的一類新藥和1個抗癲癇的一類新藥被SFDA批準進行臨床研究。2009年由學院為牽頭單位，聯(lián)合學校有關新藥研發(fā)機構和企業(yè)，利用藥學、基礎醫(yī)學、生命科學、化學、計算機科學等綜合學科的優(yōu)勢和堅實的研究基礎，整合北大優(yōu)勢資源，組織申請的“北京大學綜合性創(chuàng)新藥物研究開發(fā)技術大平臺”通過評審，被列入國家‘十一五’科技重大專項中“重大新藥創(chuàng)制”計劃資助項目。學院將依托此平臺的建設zxtf.net.cn，構建從創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)至新藥研發(fā)整體環(huán)節(jié)，包括化學藥、中藥/天然藥、生物技術藥在內(nèi)的創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)與研發(fā)體系，以提高學院新藥研究的自主創(chuàng)新能力，為國家實現(xiàn)從醫(yī)藥大國到醫(yī)藥強國的轉變貢獻力量。
學院已建立藥物篩選中心、核磁中心、液質中心、生物測試平臺、普通化學測試平臺等藥學分析測試技術平臺。擁有600M、500M、400M、300M核磁共振波譜儀、LC-MS液質聯(lián)用儀、高分辨質譜測試儀、EPS-300型電子自旋共振波譜儀、等離子表面共振儀、計算機輔助藥物設計工作站、毛細管電泳儀、全自動高通量藥物篩選機器人工作站、高內(nèi)涵篩選儀、全自動膜片鉗系統(tǒng)、石英晶體微天平、全波長掃描式多功能讀數(shù)儀，小動物成像儀等藥物科學研究領域一流的大型測試儀器，為全校科研和教學提供技術保障，并向社會提供測試服務和專業(yè)技術培訓。
藥學院與國際國內(nèi)科研院所、制藥企業(yè)有著廣泛的合作與交流。與美國 、英國、法國、德國、日本、荷蘭等國家及港、澳、臺地區(qū)等十幾所大學或公司建立了友好合作關系，聘請外籍名譽教授4名、客座教授12名，對內(nèi)、對外交流的擴大和加深促進了藥學院整體地位與水平的穩(wěn)步提高。
北京大學藥學院今后幾年的奮斗目標是：逐步發(fā)展為一所學科齊全、具有國際一流水平的藥學院。
