南京醫(yī)科大學藥學院創(chuàng)建于2002年6月。藥學院由藥理學系（省重點學科，全國臨床藥理基地、江蘇省產學研研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地)和毒理學系（省重點學科)發(fā)起，從國內外引進藥物化學、藥劑學、藥物分析學、生化藥學、生物技術、天然藥物學等學科的高層次人才，整合原基礎醫(yī)學院化學教研室并聯(lián)合江蘇省人民醫(yī)院藥劑科，經過2年的建設，藥學院已初步建成教研相長的教學研究型學院框架，初步建立生物醫(yī)學型的藥學教育模式，堅持面向臨床，服務經濟建設的辦學宗旨。
學院目前設有臨床藥學、基礎藥學、藥學、藥政管理、醫(yī)藥貿易等五個藥學專業(yè)方向，2002年招收臨床藥學專業(yè)方向學生28人，2003年招收基礎藥學等四個專業(yè)方向學生156人，其中澳門學生1人。2004年招收藥學、臨床藥學、醫(yī)藥貿易專業(yè)方向學生167人。
學院現有教職員工47人，其中教師33人，實驗室技術人員8人，行政管理人員7人。教師中正副教授（相當職稱)10人，博導1人、碩導3人，具有博士學位者8 人，碩士學位者 17人，碩士生以上學歷教師占75.8%，學校特聘教授1人。
學院現有8個教研室，分別為基礎化學、有機化學、分析化學、物理化學、藥劑學、藥物化學、藥物分析、藥理學（臨床藥理)。2004年9月，省級重點實驗室——江蘇省基因藥物技術中心在藥學院成立。學院另有1個新藥研究中心，1個化學綜合教學實驗室和1個藥學綜合教學實驗室。天然藥物、生物制藥和藥事法規(guī)與管理等教研室正在籌建中。
