南開大學創(chuàng)辦于1919年，創(chuàng)辦人是著名愛國教育家張伯苓,（1876-1951）和嚴范孫（1860-1920）�！ ∧祥_大學成立時，設文、理、商三科，招收學生96人，周恩來為文科第一期學生（學號62號）。1920年增設礦科（1926年停辦）。1927年成立社會經濟研究委員會（后改稱經濟研究所）和滿蒙研究會（后改稱東北研究會），經濟研究所趨重南開大學創(chuàng)辦于1919年，創(chuàng)辦人是著名愛國教育家張伯苓,（1876-1951)和嚴范孫（1860-1920)。
南開大學成立時，設文、理、商三科，招收學生96人，周恩來為文科第一期學生（學號62號)。1920年增設礦科（1926年停辦)。1927年成立社會經濟研究委員會（后改稱經濟研究所)和滿蒙研究會（后改稱東北研究會)，經濟研究所趨重實地調查和以物價指數為主的經濟統計工作，其出版的《經濟周刊》、《南開指數年刊》等多為國內外學術界所借重。1929年改科為院，設有文學院、理學院、商學院及醫(yī)預科，共13個系。1931年，商學院與文學院經濟系及社會經濟研究委員會合并成立經濟學院；創(chuàng)辦化學工程系和電機工程系，附屬于理學院；1932年設立應用化學研究所。
早期的南開大學作為私立大學，其經費除政府少許補貼和學費及校產收入外，基本賴于基金團體和私人捐贈。本著“貴精不貴多，重質不重量”的原則以及投資所限，學校規(guī)模一直較小，1937年在校學生僅429人，但師資力量較強，凌冰（教育)、
姜立夫、劉晉年（數學)、饒毓泰（物理)、邱宗岳、楊石先（化學)、李繼侗、熊大仕（生物)、蔣廷 （歷史)、李濟（人類學)、肖公權、徐謨（政治學)、何廉、方顯廷、陳序經、李卓敏（經濟)、黃鈺生（心理學)、張彭春（教育學)、柳無忌（英文)、司徒月蘭（英文)、馮文潛（哲學)、張克忠、張洪元（化工)等。竺可楨（氣象、地理)、湯用彤（哲學)、范文瀾（歷史)、羅隆基（政治)、吳大猷（物理)等也都曾在南開短期任教。
經過長期的艱苦創(chuàng)業(yè)，南開大學終以優(yōu)越的學術環(huán)境、嚴謹的科學訓練方針以及崇尚務實的精神而名馳南北，為國家和民族培養(yǎng)了一批優(yōu)秀人才，周恩來、陳省身、吳大猷、曹禺等是其杰出代表。
1937年7月，正處于成熟發(fā)展時期的南開大學不幸慘遭日本侵略軍狂轟爛炸，三分之二的校舍被毀。同年8月，南開大學與
北京大學、清華大學合組長沙臨時大學，三校校長張伯苓、蔣夢麟、梅貽琦為常務委員，共主校務。翌年4月，長沙臨時大學遷往昆明，改稱西南聯合大學。1939年南開經濟
研究所遷至重慶沙坪壩南開中學內，繼續(xù)開展研究工作，并招收研究生；1942年7月，南開在昆明成立“邊疆人文研究室”，并出版《邊疆人文》刊物。聯大期間，三校風云際會，艱苦創(chuàng)業(yè)，和衷共濟，為國家民族培養(yǎng)了一大批杰出的科學人才和革命志士，譜寫了中國教育史上的光輝篇章。
抗日戰(zhàn)爭勝利后，三校復員北歸，1946年南開大學遷回天津并改為國立。復校后設文學院、理學院、政治經濟學院和工學院，計16個系，另設有經濟研究所、應用化學研究所及邊疆人文研究室。師資力量有了加強，一批學者如吳大任、卞之琳、肖采瑜、傅筑夫、高振衡、李廣田、羅大岡、汪德熙、謝國楨、張清常、王玉哲、楊生茂、司徒月蘭等來校任教。張伯苓在擔任校長長達30年之后，于1948年離任，由 何廉代理校長。
1949年1月，天津解放，南開大學開始了新的歷程。黨和政府十分關心南開大學的發(fā)展，周恩來總理于1951年、1957年和1959年三次回母校視察；1958年毛澤東主席蒞校視察；1994年江澤民總書記視察南開；李鵬、朱鎔基等也曾先后視察南開，黨和國家領導人給南開師生以極大的鼓舞。
1952年全國高等學校院系調整，南開大學由一所學科比較齊全的大學變成了一所僅擁有文理學科的綜合性大學，設有14個系，3個專修科。院系調整后，鄭天挺、雷海宗、吳廷璆 、李何林、朱維之、李霽野、季陶達、顧昌棟、溫公頤、陳仁烈、江安才、曾鼎禾、楊宗磐調入南開；王贛愚、何炳林、陳榮悌、陳茹玉、陳天池、王積濤、嚴志達、崔等一批國外留學者紛紛回歸， 相繼加入南開教席。1958年，南開大學的貿易、企業(yè)管理、會計、金融、財政、統計等系轉入新組建的天津財經學院。1960年設立地質地理系（1961年停辦)、物理二系（1961年轉入
蘭州大學)和哲學系。80年代前，長期停滯于9個系的設置，即數學、物理、生物、化學、中文、外文、哲學、政治經濟學、歷史等系。
1966年至1976年，南開大學正常教學秩序被破壞。1966年至1971年教學、科研工作完全
癱瘓，五年之久不招生、上課。1976年7月唐山大地震波及天津，學校大部分校舍遭到不同程度損壞。
改革開放以來，南開大學煥發(fā)青春活力。1980年以后，南開大學為適應社會主義現代化建設需要，利用老專業(yè)基礎好的優(yōu)勢，建立了一批新的專業(yè)和研究機構。文科重點增設了以財經類為主的應用性專業(yè)，并在此基礎上于1983年恢復了經濟學院，理科重點增設了交叉、邊緣和高新科技類專業(yè)。到80年代中后期，南開大學發(fā)展成為一所包括人文社會科學、自然科學、技術科學、生命科學、管理科學及藝術等多學科的綜合大學。
1994年，天津對外貿易學院并入南開大學。
繼張伯苓之后，何廉、楊石先、臧伯平、滕維藻、母國光先后任南開大學校長，現任校長是侯自新。
