1.從培養(yǎng)目標上看：在專業(yè)上，臨床醫(yī)學要求掌握現代醫(yī)學基礎理論、基本知識和基本技能，并能運用所學知識和技能防治多發(fā)病、常見病、掌握疑難重癥的診斷治療原則等，比較側重臨床的實際應用；而基礎醫(yī)學要求具備自然科學、生命科學和醫(yī)學科學基本理論知識和實驗技能，側重與基礎性的科研。
2.課程設置也有所不同：根據專業(yè)的不同，每個學校都有自己設置的一套必修課和選修課，臨床醫(yī)學專業(yè)的偏重于臨床應用方面的；基礎醫(yī)學偏重于基本原理、實驗技能方面的。但也不是絕對的，畢竟，兩者關系密切，沒有明確的界限。
范疇：
臨床醫(yī)學專業(yè)主要包括：臨床外科（普外、骨科、腦外、泌外、整形、心胸外……）、臨床內科（心內、消化、神內、腎內、血液、內分泌……）、臨床專科（麻醉、婦兒、五官、皮膚、腫瘤、急診、老年病……）等。
基礎醫(yī)學專業(yè)主要包括：解剖、病理、免疫、微生物、藥理等

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